消毒柜在使用过程中，用完的餐具必须先洗干净，将水擦干才放进消毒柜内，不能承受高温的餐具必须放进低温层。水洗过的餐具必须擦干或晾干后方可放入消毒柜内，红外发热管通电加热，柜内温度上升至200°C~300°C，达到消毒之目的。一些用户把带水的餐具放入柜内又不经常通电，致使消毒柜的各电器元件及金属表面受潮氧化，在红外发热管管座处出现接触电阻，易烧坏管座或其它部件，缩短消毒柜的使用寿命。
有些用户出于种种原因对消毒柜少用和闲置，而正确的使用方法是：每1~2天通电消毒一次，这样既起到杀毒的目的，又可延长其使用寿命。应将餐饮具洗净沥干后再放入消毒碗柜内消毒，这样能缩短消毒时间和降低电能消耗。
塑料等不耐高温的餐饮具不能放在下层高温消毒柜内，而应放在上层臭氧消毒的低温消毒柜内消毒，以免损坏餐具。彩瓷器皿放入消毒柜会释放有害物质，危害人体健康。碗、碟、杯等餐具应竖直放在层架上，最好不要叠放，以便通气和尽快消毒。
消毒柜应放置在干燥通风处，离墙不宜小于30厘米。消毒期间非必要时，请勿开门，以免影响效果。消毒结束后，如过十分钟再取用的话，效果更佳。